Skupština je najviši organ upravljanja Saveza, a čine je predstavnici svih članica Saveza, po pravilu načelnik, odnosno gradonačelnik i njihov mandat traje četiri godine. Iznimno, Skupštinu mogu činiti i drugi predstavnici po ovlaštenju načelnika, odnosno gradonačelnika. Skupština ima predsjedavajućeg i zamjenika predsjedavajućeg koji su u pravilu iz različitih konstitutivnih naroda. Predstavnici svih članova ravnopravno učestvuju u radu Skupštine i svaki član Saveza u donošenju odluka ima jedan glas.
Skupština se sastaje najmanje jednom godišnje i odlučuje o najvažnijim pitanjima za rad Saveza kako je navedeno u članu 19. Statuta Saveza.
Od osnivačke Skupštine koja je održana 29. maja 2002. godine u Mostaru, Savez je imao još trinaest sjednica Skupštine. Od toga šestt sjednica su bile izborne i sedam redovnih.
Izborne sjednice Skupštine Saveza općina i gradova Federacije Bosne i Hercegovine:
- 24.04.2025. godine - Čapljina (14. sjednica)
- 29.09.2021. godine - Neum (11. sjednica)
- 05.05.2017. godine - Čapljina (9. sjednica)
- 06. i 07.02.2013. godine - Fojnica (7. sjednica)
- 16. i 17.04.2009. godine - Neum (4. sjednica)
- 22.03.2007. godine - Gradačac (2. sjednica)
- 29.05.2002. godine - Mostar (1. sjednica)
Redovne sjednice Skupštine Saveza općina i gradova Federacije Bosne i Hercegovine:
- 10.10.2023. godine - Hadžići (13. sjednica)
- 14.06.2022. godine - Neum (12. sjednica) - obilježavanje 50 godina Saveza
- 26.06.2019. godine - Neum (10. sjednica)
- 09.06.2015. godine - Neum i nastavak 21.10.2015. godine - Centar Sarajevo (8. sjednica)
- 06.10.2011. godine - Neum (6. sjednica)
- 07.05.2010. godine - Neum (5. sjednica)
- 06. i 07.12.2007. godine - Neum (3. sjednica)
Mandat predsjedavajućeg Skupštine i zamjenika predsjedavajućeg Skupštine Saveza traje do izbora novih, nakon održanih lokalnih izbora, a u skladu sa odgovarajućom odredbom Statuta Saveza.
Na XIV (Izbornoj) sjednici Skupštine Saveza općina i gradova FBiH koja je održana u Čapljini 24.04.2025. godine izabran je predsjedavajući Skupštine Saveza i zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza.
Predsjedavajući Skupštine Saveza:
Marin Radišić, načelnik Općine Čitluk
Zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza:
Zijad Lugavić, gradonačelnik Grada Tuzla
______________________________________________________________________________
Na XI (Izbornoj) sjednici Skupštine Saveza općina i gradova FBiH koja je održana u Neumu 29.09.2021. godine izabran je predsjedavajući Skupštine Saveza i zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza.
Predsjedavajući Skupštine Saveza:
Suad Huskić, načelnik Općine Tešanj (29.09.2021. - 24.04.2025.)
Zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza:
Smiljan Vidić, gradonačelnik Grada Čapljina (29.09.2021. - 24.04.2025.)
______________________________________________________________________________
Na IX sjednici Skupštine Saveza općina i gradova FBiH (Izbornoj) koja je održana u Čapljini 5.05.2017. godine izabran je predsjedavajući Skupštine Saveza i zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza.
Predsjedavajući Skupštine Saveza:
Faris Hasanbegović, načelnik Općine Sanski Most (5.05.2017. - 29.09.2021.)
Zamjenik predsjedavajućeg Skupštine Saveza:
Smiljan Vidić, gradonačelnik Grada Čapljina (5.05.2017. - 29.09.2021.)